Inkerin lipun synty liittyy inkerinsuomalaisten itsenäisyyspyrkimyksiin ja sotatoimiin koko Inkerinmaan tai ainakin sen pohjoisosan liittämiseksi Suomeen vuosina 1919-1920. Sotatoimiin osallistui inkeriläisten sotajoukkojen lisäksi Inkerin itsenäistymistä ajaneita suomalaisia heimoaatteen harrastajia, valkoisen Venäjän sotayksiköitä ja virolaisia sotajoukkoja.
Tämän levottoman ja sekavan ajanjakson keskeisimmäksi tapahtumaksi muodostui 2. helmikuuta 1920 tehty Neuvosto-Venäjän ja Viron rauha. Viron joukoissa taistellut Länsi-Inkerin rykmentti hajotettiin. Tämä tiesi vajaan kahden tuhannen pakolaisen lisäystä Viroon. Osa läntisintä Inkeriä liitettiin Viroon.
Päällimmäiseksi nousi kysymys Inkerin kohtalosta. Inkeriläispakolaisia oli silloin Suomessa noin 8000 henkeä. Toiminta heidän keskuudessaan oli painottunut Inkerin länsi- ja pohjoisosaan. Näillä alueilla inkeriläispakolaisten asioita oli ajamassa Länsi- Inkerin Hoitokunta ja Pohjois- Inkerin Hoitokunta. Hoitokuntien alueellinen sijainti oli sanellut myös niiden pyrkimyksiä ja synnyttänyt tästä johtuvia erimielisyyksiä. Pohjois- Inkerin Hoitokunta oli pyrkinyt liittämään Inkerin Suomeen. Sen sijaan Länsi- Inkerin Hoitokunta oli tavoitteissaan maltillisempi, eikä uskonut, että Venäjä luopuu koskaan Inkeristä. Se tähtäsi kansallisen sivistysitsehallinnon aikaansaamiseen. Hoitokuntien tekemän kompromissin mukaan Kolppanan seminaarin viimeinen rehtori maisteri Kaapre Tynni valtuutettiin edustamaan koko Inkerin kansaa Tarton rauhanneuvotteluissa.
Myös Suomesta saatavaan apuun syntyi uutta uskoa, kun Suomi käynnisti rauhanneuvottelunsa Neuvosto-Venäjän kanssa. Niiden valmisteluvaiheessa elpyivät inkeriläisten toiveet saada maakuntavaltainen autonomia tai vähintäänkin kulttuuriautonomia. Venäjä ei hyväksynyt Suomen ehdotusta puolueettoman, inkeriläisten asuttaman vyöhykkeen muodostamista Rajajoen ja Nevan väliselle alueelle.
Tarton rauhansopimus allekirjoitettiin lokakuun 14. pnä 1920. Venäläisen valtuuskunnan nimissä tehtiin pöytäkirjaan erillinen inkeriläisiä koskeva ilmoitus, jossa vakuutettiin Pietarin kuvernementin suomalaisväestön nauttivan täydessä määrin niitä oikeuksia ja etuja, joita Venäjän lait myönsivät vähemmistökansallisuuksille. Pöytäkirjaan liittyi myös kohta, jossa luvattiin armahdusta Inkeriin palaaville pakolaisille ja tukea heidän taloudellisten olojensa helpottamiseksi.
Inkerin lippu nostettiin salkoon Kirjasalon Pusanmäen juhlakentällä 5.12.1920, kun Kirjasalo luovutettiin Venäjälle. Sinä päivänä Pohjois- Inkerin Erikoispataljoona siirtyi Suomen puolelle.
Tarton sopimus käynnisti pakolaisten paluun Suomesta Inkeriin. Osa Suomessa olleista inkeriläispakolaisista ei luottanut Neuvosto-Venäjän hallituksen lupauksiin. Pakolaistoiminta jatkui Suomessa Pohjois- Inkerin Hoitokunnan varassa. Sen ylimääräisen kokouksen pöytäkirjassa maaliskuun 11. päivältä 1921 oli Inkerin lippua koskeva kohta. Otteen oikeaksi todistaneiden nimistä toinen on varmuudella Juho Tirranen, toisen nimikirjoituksesta ei ole varmuutta.
” § 15. Vahvistetaan Inkerin lipun väri ja koko seuraavasti: pohja keltainen; risti: sininen; ristin reunamaviivat: tiilenpunaiset. Koko: korkeus: 100 cm.: 35 keltaista, 5 punaista, 20 sinistä, 5 punaista, 35 keltaista. Pituus 150 cm: 45 keltaista, 5 pun., 20 sinistä, 5 pun. 75 keltaista. ”
Keltainen pohja kaiketi kuvaa Inkerin viljavainioita, sininen väri tuo mieleen joet, ja tiilenpunainen palauttaa mieleen kadonneitten linnanvallien muurit.”